@ulukai,
im Wiki habe ich geschrieben, dass dieser Parameter ausschießlich für den Algorthnus RBFNetwok (Radial Basis Function Network - besondere Form neurolaner Netze) von Bedeutung ist. Allgemeine zu RBF gibts z.B. bei
http://en.wikipedia.org/wiki/Radial_basis_function.
Vor diesem Hintergrund wäre es auch komisch oder ein Fehler im Programm, wenn der Parameter einen Einfluß auf deine Berechnungen gehabt hätte. Ich unterstelle mal, dass du in erster Line mit SVM gearbeitet hast.
Zu den Details kann ich bei Interessenten dieses Algorithmus nur auf die Weka-Doku verweisen.
Viele Grüße
Martin