Ein sehr guter und kostenloser Malwarescanner ist zum Beispiel ASquared-free & portabel!
Aber zuerst den Scanner mit einem normalen AV scannen, schließlich ist er auch portabel
Am besten nimmt man Ultimate Boot CD (hier sind mehrere AV und Malwarescanner drauf), aktualisiert sie, startet von der CD und prüft alles. So kann man eventuell sicher sein, dass alles sauber ist. Eventuell, weil es nirgendwo100% Sicherheit gibt