Hallo Sten,
der Unterschied von "Progam Files" und "Program Files (x86)" ist so by Design. In Program Files kommen in der Tat die 64-Bit Programme und in "Program Files (x86)" die 32-Bit Programme. Microsoft hat das so getrennt, um Risiken zu minimieren die damit einhergehen können, wenn man von einer Software sowohl die 32-Bit als auch die 64-Bit Variante installiert hat. Du kannst zum Beipsiel 32- und 64-Bit Java gleichzeitig installieren (dann bitte aber 32-Bit zuerst). Photoshop installiert dir auch eine 32-Bit und eine 64-Bit Variante. Der Internet Explorer ebenso.
Du bist nicht auf diese Verzeichnisse festgelegt. Du kannst Software in der Regel installieren, wo du magst. Im Windows-Verzeichnis sollte man das aber besser nicht tun. Wenn du einigermaßen die Kontrolle darüber hast, läufst du ja auch nicht in das Problem mit den zwei Versionen rein. Allerdings hast du dann in diesem Verzeichnis keine Benutzerkontensteuerung - worüber man streiten kann, ob das tatsächlich ein Nachteil ist. Meiner Meinung nach ist IT-Sicherheit so ein Alptraum, da zählt jedes Bischen, was den Schutzlevel anhebt.
Auf meinen Rechnern habe ich eine Platte (oder Partition) C:, wo ich quasi nur Software installiere und eine Platte (oder Partition D), wo die Daten drauf kommen. Das macht es mir bei den Backups leichter. Auf C gibt es die beiden Microsoft-Programmordner und einen eigenen Ordner "Programme2" (ohne Leerzeichen - ich kann das auch nicht abhaben...) für bestimmte Software, die nicht in den originalen Programmverzeichnissen funktioniert oder die ich da aus bestimmten Gründen einfach nicht haben will (was in der Regel an der Benutzerkontensteuerung liegt....)
Eine ähnliche Trennung gibt es auch im Windows-Verzeichnis. Da gibt es SysWOW64 für die 32-Bit Software und System32 für die 64-Bit Software (kein Witz, ist schon richtig so). Damit lenkt das Betriebssystem je nach Architektur die Software in das richtige Windows Systemdirectory. An diesen Verzeichnisse änderst du aber bitte gar nix, sonst ist schnell Ende Gelände.
Grüße
Pax Romana
Quod licet iovi non licet bovi.